Cette formation est proposée avec le soutien de la DipSO et FTLV INRAE, ainsi que des départements BAP, GA et SPE

Informations générales

Dates : du lundi 23 novembre 2026 à 14h au vendredi 27 novembre 2026 à 12h
Lieu : Station Biologique de Roscoff
Format : En présentiel avec alternance cours / TP (2 jours) et développement encadré de votre propre pipeline (2 jours)
Public visé : Bioinformaticien·ne·s et bio-analystes ayant déjà utilisé un gestionnaire de workflows (Nextflow, Snakemake ou équivalent), sans nécessairement avoir développé eux-mêmes un pipeline.
Les participant·e·s sont encouragé·e·s à venir avec une idée de pipeline ou un projet personnel
Nombre de places limité à 15 participant·e·s.
Date limite de candidature : 3 juillet 2026. Retour de l’équipe organisatrice mi-juillet 2026.

Nous reccueillons les demandes de pré-inscription via ce formulaire jusqu’au 3 juillet 2026

Tarifs

Public	Tarif
INRAE	200 €
Académiques hors INRAE	300 € (HT)

Le tarif inclut hébergement et restauration/pauses. Seuls les frais de déplacement sont à la charge des unités

Objectifs de la formation

À l’issue de cette formation, les participant·e·s seront capables de :

Comprendre les concepts fondamentaux de Nextflow.
Développer un pipeline bioinformatique reproductible, modulaire et maintenable.
Utiliser l’écosystème nf-core (modules, tests, jeux de données de test…).
Gérer des environnements reproductibles avec Conda et Singularity/Apptainer.
Déployer des pipelines sur différentes infrastructures de calcul.
Initier ou structurer leur propre pipeline dans une approche « Bring Your Own Data ».

Pré-requis

Les participant·e·s doivent :

Être à l’aise avec Linux en ligne de commande.
Avoir une expérience minimale de développement.
Avoir déjà exécuté une analyse avec un gestionnaire de workflows (Nextflow, Snakemake ou équivalent).

Programme prévisionnel

Jour 1 — Fondamentaux Nextflow

Demi-journée 1 — Introduction à Nextflow et concepts fondamentaux

Intervenantes : - Stéphanie Robin - Amandine Velt

Contenu

Introduction aux gestionnaires de workflows et à Nextflow
Architecture générale d’un pipeline
Processus et channels
Lecture et manipulation de fichiers
Opérateurs fondamentaux
Exécution d’un workflow

Travaux pratiques

Prise en main de l’environnement de développement
Exécution d’un workflow minimal
Manipulation de channels et d’opérateurs simples

Demi-journée 2 — Modularisation et bonnes pratiques

Intervenante : - Amandine Velt

Contenu

Modules et sous-workflows
Séparation logique des composants
Gestion des paramètres

Travaux pratiques

Création de modules réutilisables
Construction d’un pipeline modulaire
Gestion de la configuration

Jour 2 — Écosystème nf-core et reproductibilité

Demi-journée 3 — Développement avec l’écosystème nf-core

Intervenant : - Cervin Guyomar

Contenu

Standards et bonnes pratiques nf-core
Outils de développement
Templates et structure recommandée
Publication et partage

Travaux pratiques

Initialisation d’un pipeline nf-core
Utilisation des outils associés

Demi-journée 4 — Environnements reproductibles et exécution sur cluster

Intervenant : - Ludovic Legrand

Contenu

Gestion des dépendances avec Conda
Utilisation de conteneurs Singularity/Apptainer
Profils de configuration
Gestion des ressources
Exécution sur cluster HPC

Travaux pratiques

Création et utilisation d’environnements reproductibles
Exécution avec conteneurs
Configuration d’un profil cluster

Jours 3 et 4 — Atelier « Bring Your Own Data »

Les deux derniers jours sont consacrés à un atelier pratique encadré durant lequel les participant·e·s pourront :

Développer leur propre pipeline.
Modulariser leur workflow.
Travailler sur leurs propres données.
Mettre leur projet en conformité avec les standards nf-core.

Les participant·e·s pourront également apprendre à :

Déployer leur pipeline sur un cluster HPC.
Utiliser des environnements reproductibles et des conteneurs (Conda, Singularity/Apptainer).
Passer d’une exécution locale à un environnement de calcul distribué.

Les formateur·rices accompagneront individuellement les participant·e·s selon leurs besoins.

Restitution finale

Chaque participant·e pourra présenter :

Son pipeline
Les difficultés rencontrées
Les perspectives de développement envisagées

Suivi post-formation

Une visioconférence de retour d’expérience sera organisée 1 à 2 mois après la formation afin de :

Partager les retours d’usage
Échanger sur les difficultés rencontrées
Favoriser la structuration d’une communauté Nextflow INRAE

Équipe pédagogique

Intervenant·e	Structure
Cervin Guyomar	UMR GenPhySE, INRAE Toulouse
Ludovic Legrand	UMR LIPME, INRAE Toulouse
Stéphanie Robin	UMR IGEPP, INRAE Rennes
Amandine Velt	UMR SVQV, INRAE Colmar